Uno de los cambios de Moodle 2 frente a las versiones anteriores es que ya no podemos subir ficheros por FTP (o mediante alguna interfaz de nuestro hosting) y utilizarlos en Moodle.

La solución, es la que se indica en este post del foro de moodle.

1. Vamos a la configuración de repositorios: Administración del sitio>Extensiones>Repositorios>Gestionar repositorios
2. Buscamos el repositorio «Sistema de Archivos» y lo activamos.
3. Entramos en nuestro hosting y creamos una carpeta en moodledata/repository
4. Volvemos a la gestión de repositorios, y en que aparece como «Sistema de Archivos» le damos a Configuración.
5. En el apartado «Ejemplos de repositorios del sitio» creamos un ejemplo de repositorio
6. En la nueva ventana, seleccionamos la carpeta que hemos creado en el paso 3 (nos saldrán todas las carpetas que haya en moodledata/repository), y le asignamos un nombre que será el que utilizará en moodle (creo que lo más práctico es poner el mismo nombre de la carpeta para no liarnos)

A partir de este momento podremos utilizar ficheros en nuestros cursos que hayamos subido a esa carpeta por cualquier método (como puede ser FTP) ya que nos saldrá el nuevo repositorio en la ventana de selector de archivos.

Este sistema es útil, por ejemplo, para subir backups de cursos si queremos hacer restauraciones en otro servidor, o para subir varios ficheros de una vez y añadirlos más rápido a un curso.